商业秘密与经济、科技领域中的国家秘密，都是具有保密价值的信息，二者间是互相联系、互可转变的。国家秘密在一定条件下可以转变为商业秘密，商业秘密也可以转变为国家秘密。例如，随着时间的推移，生产发展了，科技进步了，有些经济、科技领域的国家秘密会失去其国家秘密属性，此时的国家秘密就可能转变为商业秘密。又如，企业开发、研制属于商业秘密的科技项目，对国防军事有着巨大的潜在价值，具有国际领先水平，或对国民经济产生重大影响，在这种情况下，商业秘密就“关系国家安全和利益”了，就要确定为国家秘密。

商业秘密与国家秘密的区别主要表现在以下四个方面：

（1）涉及的利益不同。国家秘密关系国家安全和利益，其内容涉及国家的政治、军事、外交和外事、国民经济和社会发展、科学技术、国家安全和刑事司法等领域。国家秘密一旦泄露，会使国家的安全和利益受到损害。而商业秘密仅仅是涉及权利人经济利益和竞争优势的信息，其内容也局限于与科研、生产、经营有关的技术信息和经营信息。商业秘密一旦泄露，损害的是商业秘密权利人的利益。

（2）确定的程序不同。国家秘密必须依照法定的程序确定，依据国家有关部门保密范围的规定，确定国家秘密及其密级。商业秘密的确定没有法定的程序，只要符合商业秘密的基本条件，权利人又采取了合理的保密措施，就可以受到法律的保护。

（3）处置权不同。国家秘密是一种公权，而商业秘密属于私权。国家秘密未经法律授权的机关审查批准，任何人不得擅自对外提供或转让。而商业秘密只要权利人自己决定，就可以参与市场交易，进行有偿转让或随意转让给他人，除非这种转让会对他人的权益或公共利益造成损害，否则是不受法律限制的。

（4）法律责任不同。国家秘密一旦被泄露，损害的是国家的安全和利益，侵害的是国家的保密制度，对泄密行为人必须依照法律、法规追究其刑事责任或行政责任。商业秘密一旦被泄露，商业秘密的权利人可以追究侵权人的法律责任，也可以不追究其责任。